根据《企业破产法》第五十六条第二款，债权人未依法申报债权的，不得依照《企业破产法》规定的程序行使权利。例如，债权人需要依法进行申报债权后才能参加债权人会议并享有表决权，对核查债权、通过财产管理方案、变价方案、分配方案等债权人会议职权范围内的事项进行表决，而未及时申报债权的债权人即使可以列席债权人会议，也不得行使表决权。

2.已经进行的分配不再补充分配

《企业破产法》第五十六条第一款规定，对于补充申报债权的债权人，此前已进行的分配不再对其补充分配，例如补充申报前其他债权人已通过分配获得10%的清偿额，那么补充申报人也视为已获得10%的清偿额，只能以剩下90%的债权数额与其他债权人按比例分配。

3.承担审查和确认补充申报债权的费用

根据《企业破产法》第五十六条第一款，为审查和确认补充申报债权的费用由补充申报人承担。补充申报债权的审查和确认除了要花费管理人的一定人力、物力、财力外，还要对审查过的债权组织债权人会议核查，这无疑是增加了管理人的工作量，因此应由补充申报人承担相应的费用。

对于补充申报债权费用的收取标准，法律上未有明确的规定，有部分地区开始推出各种试行办法，目前各管理人采用的收费标准不统一，如参照《诉讼费用交纳办法》收取或减半收取的、按每笔债权固定价收取的、按实收取等等。

4.丧失申报债权的权利，无法参与追加分配

《企业破产法》第五十六条第一款规定债权人可以在破产财产最后分配前补充申报，实践中由于各种现实原因，破产清算案件终结后管理人一般不会立即办理注销登记，且案件终结后的追加分配常有发生，那么此时债权人还能否向管理人提交债权申报材料并要求参与后续的分配呢？答案是否定的，理由主要有以下两点：

首先，从理论上来说，根据《企业破产法》的相关规定，破产人无财产可供分配，管理人在最后分配完结后应提请人民法院裁定终结破产程序，这说明最后分配指的是破产程序终结前的最后一次分配，而不是实际意义上的最后一次分配，而破产清算程序终结后的分配属于追加分配，债权人的补充申报权在破产财产最后分配时即消灭，无法申报债权自然就无法参与《企业破产法》规定的分配程序。

其次，从操作性来说，人民法院裁定终结破产程序后，管理人因需要继续履行职务而未办理注销登记，即便管理人能接受债权人的补充申报材料并作出审查意见，债权人会议也对补充申报的债权进行了核查并通过，但由于破产清算案已结案，程序无法倒流，法院不能再就该破产清算案件出具确认债权无异议的裁定书，债权人在破产程序终结后的申报也就失去了意义。